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Son père sénégalais et sa mère française se sont connus étudiants en Île-de-France au milieu des années 1960. Née à Pithiviers dans le Loiret, à moins de cent kilomètres au sud de Paris, Marie NDiaye passe son enfance dans la banlieue parisienne. Son père quitte la France pour l'Afrique alors qu'elle n'a qu'un an. Elle ne l'a vu que trois fois, la dernière fois remonte à une vingtaine d'années[réf. nécessaire]. Sa mère, professeur de sciences naturelles, dont les parents étaient agriculteurs dans la plaine de la Beauce, l'élève donc seule, avec son grand frère, Pap Ndiaye[1].

Elle commence à écrire vers l'âge de 12-13 ans. Élève en terminale à l'âge de 17 ans, elle est repérée par Jérôme Lindon, fondateur des Éditions de Minuit, qui publie son premier ouvrage, Quant au riche avenir[1]. La Quinzaine littéraire souligne en 1985 qu'« elle est déjà un grand écrivain. Elle a trouvé une forme qui n'appartient qu'à elle pour dire des choses qui appartiennent à tous. » À la suite de la parution de cette œuvre, elle rencontre celui qui allait devenir son mari, l'écrivain Jean-Yves Cendrey : il lui avait écrit une lettre de lecteur à laquelle elle répondit, entrainant leur rencontre. Elle obtient également une bourse qui lui permet d'étudier pendant un an à la Villa Médicis à Rome.

À 22 ans, elle revoit son père au Sénégal, au cours d'un premier voyage en Afrique. Elle relate cette rencontre ainsi : « Je ne reconnaissais rien, vraiment rien. Il n’y a strictement aucune transmission dans les gènes qui fait que quand on se retrouve dans le pays d’où vient son père, on se dise « ah, oui, bien sûr, c’est chez moi ! ». C’était au contraire profondément étrange, très autre, mais autre dans le sens attirant, pas déplaisant. »

En 1998, elle sort de sa réserve en adressant une lettre aux médias dans laquelle elle accuse l'auteur à succès Marie Darrieussecq de « singerie ». Selon elle, cette dernière s'est fortement inspirée de La Sorcière publié deux ans plus tôt pour écrire son deuxième roman Naissance des fantômes, comme le rapporte alors le journal Libération[2]. C'est le début d'une relation tendue entre les deux écrivaines qui avaient cependant entretenu auparavant une correspondance importante et des échanges de manuscrits[2].

Marie NDiaye reçoit le Prix Femina en 2001 avec son roman Rosie Carpe dès le premier tour par 9 voix sur 12. Sa pièce de théâtre Papa doit manger figure au répertoire de la Comédie-Française : c'est la seule femme écrivain vivante à avoir cet honneur[3].

En 2009, elle s'essaie à une nouvelle expérience et participe à l'écriture du scénario du film White Material de Claire Denis, dont elle dit qu'elle est plus « africaine » qu'elle, car elle a passé son enfance au Cameroun. Le film décrit l'histoire d'une Française à la tête d'une plantation de café en Afrique en pleine guerre civile.

Elle est lauréate 2009 de la bourse Jean-Gattégno du Centre national du Livre[4].

Elle reçoit le prix Goncourt 2009 pour Trois Femmes puissantes, roman initialement tiré à 15 000 exemplaires mais qui avec le succès auprès du public à au moment du prix un tirage total de 140 000 exemplaires après dix réimpressions[